Hoy mientras configuraba Firebase para iOS me encontré con este problema:
Can't find gem cocoapods (>= 0.a) with executable pod (Gem::GemNotFoundException)
interesante ya que no hacía poco que había hecho una actualización de mis pods. La solución:
gem install cocoapods
Mi sospecha es que tiene algo que ver con las Gemfiles que agregué para la configuración de Fastlane. Seguiré investigando.